Colombia estaba en guerra cuando José Domingo De Obaldía fue nombrado gobernador del Istmo(Panamá). Este estaba inclinado por una separación, y con José Agustín Arango empezaron en secreto la preparación del movimiento separatista. Se formó una junta clandestina revolucionaria que buscaba separarse de la soberanía colombiana y que Estados Unidos los ayudara a la construcción del canal. La parte operativa, la de mayor riesgo,fue asignada a Amador Guerrero, quien viajó a Estados Unidos en busca de apoyo para el plan. Fue también a Panamá y se ganó el apoyo de importantes jefes liberales y el apoyo del comandante militar Esteban Huertas.
El plan de la separación se iba a poner en marcha en algún día de noviembre de 1903, pero a el resto del país llegaron rumores de que algo iba a hacer Panamá y que iba a haber una invasión nicaragüense al Istmo por la región de Calovébora, sobre la costa norte panameña. Esto hiso que se movilizara todo un batallon y que De Obdulia fuera reemplazado.
Pero cuando llegaron, hubo unos retrasos dandole tiempo a un buque americano dirigido por John Hubbard para descargar sus tropas e impedir que el ferrocarril fuera usado, dicendo ser neutral. Teniendo todo de ese mode se apresuraron las acciones para declarar la separación del Istmo. La Junta Revolucionaria procedió entonces a declarar esa misma tarde, la independencia del Istmo. Después de esto y teniendo a una escuadrilla naval anclada en la bahía de Panamá que fue obligada a rendirse sin oponer resistencia, el Consejo Municipal se reunió con Demetrio H. Brid, autoridad máxima en el territorio panameño, y proclamó en un acta de voluntad del pueblo de ser libre y de establecer un Gobierno propio, independiente, y soberano bajo el nombre de República de Panamá.
La noticia de la separación de Panamá no fúe conocida en Colombia hasta el 6 de noviembre por medio de el embajador de Ecuador, quien hizo llegar la noticia al gobierno colombiano. Entonces se envía a Panamá una misión diplomática para averiguar si los panameños volverían a como estaban antes, se ofreció reconsiderar el tratado Herrán-Hay, rechazado por el Senado colombiano, e inclusive hasta se prometía hacer de Panamá la capital de Colombia pero siempre se obtuvo una negativa de la ya República de Panamá.